لایدن رتبه‌بندی دانشگاه‌های جهان را در سال 2019 میلادی منتشر کرد و در میان مؤثرترین دانشگاه‌های دنیا نام ۲۶ دانشگاه ایران را در لیست خود قرار داده است. بر این اساس در مجموع این رتبه‌بندی ۴ دانشگاه از استان اصفهان حضور دارند که در این میان دانشگاه صنعتی اصفهان با کسب (رتبه 389 جهان) با رتبه ۶ ، و سپس دانشگاه های اصفهان (رتبه 765 جهان)، کاشان (رتبه 793 جهان) و علوم پزشکی اصفهان (رتبه 874 جهان) به ترتیب با رتبه‌های ۱۵، ۱۸ و ۲۱ در جمع دانشگاه‌های برتر ایران در رتبه‌بندی لایدن قرار گرفته اند.
به گفته سرپرست پایگاه استنادی علوم جهان اسلام در رتبه‌بندی سال جاری این نظام، تعداد ۲۶ دانشگاه از ایران در جمع ۹۶۳ دانشگاه برتر جهان قرار گرفتند و این در حالی است که در سال ۲۰۱۸ این تعداد برابر با ۲۳ دانشگاه بوده است.
لایدن یکی از نظام‌های معتبر ارزیابی دانشگاهی است که هر ساله دانشگاه‌های برتر دنیا را بر اساس شاخص‌های معتبر علم‌سنجی مورد ارزیابی و رتبه‌بندی قرار می‌دهد. محمد جواد دهقانی در مصاحبه با ایسنا اظهار داشت: در سال ۲۰۱۹، دانشگاه‌های دنیا در ۲۰ شاخص در قالب ۴ معیار کلی مرجعیت علمی، همکاری علمی، دسترسی آزاد به انتشارات و تنوع جنسیتی در لایدن مورد رتبه‌بندی web of science قرار گرفتند. این ارزیابی‌ها از تولیدات علمی دانشگاه‌ها در سال‌های ۲۰۱۴ الی ۲۰۱۷ از پایگاه اطلاعاتی استفاده نموده است.
معیار مرجعیت علمی (تأثیر علمی) از شاخص‌هایی چون مقالات یک درصد برتر، مقالات ۵ درصد برتر، مقالات ۱۰ درصد برتر و مقالات ۵۰ درصد برتر بهره گرفته است. وی افزود: معیار همکاری علمی نیز از شاخص‌هایی چون همکاری علمی، همکاری بین‌المللی، همکاری صنعتی، همکاری علمی با فاصله جغرافیایی کمتر از ۱۰۰ کیلومتر و همکاری علمی با فاصله جغرافیایی بیشتر از ۵۰۰۰ کیلومتر استفاده کرده است.
معیار دسترسی آزاد به انتشارات و تنوع جنسیتی دو معیار جدیدی هستند که برای اولین بار در رتبه بندی ۲۰۱۹ مورد بررسی قرار گرفته‌اند.
بررسی دانشگاه‌های کشور در رتبه‌بندی لایدن از سال ۲۰۱۲ تا سال ۲۰۱۹ نشان از حضور دانشگاه‌های بیشتری از کشور در نظام رتبه‌بندی لایدن بوده است:
سال میلادی
۲۰۱۹
۲۰۱۸
۲۰۱۷
۲۰۱۶
۲۰۱۵
۲۰۱۴
۲۰۱۳
۲۰۱۲
تعداد دانشگاه
۲۶
۲۳
۱۸
۱۴
۱۳
۱۲
۵
۰